Przegędza jest jedną ze starszych miejscowości ziemi rybnickiej. Istniała już w XIII wieku. Pierwsze wzmianki o niej pojawiły się około 1240 r., kiedy to wraz innymi wsiami składała dziesięcinę snopową na rzecz Kolegiaty św. Krzyża w Opolu. Prawdopodobnie na przełomie XIII i XIV wieku osada została przeniesiona na prawo niemieckie. Świadczą o tym wzmianki mówiące o regularnej zabudowie wsi i występowaniu wolnego sołectwa (instytucja ta przetrwała tutaj aż do XIX wieku). Wieś znajdowała się pod bezpośrednim zwierzchnictwem książąt opolsko-raciborskich.

W 1532 r. Przegędza znalazła się w strukturach rybnickiego państwa stanowego, będąc kolejno pod zarządem: Hohenzollernów, Lobkowiców, Węgierskich. Ostatni z właścicieli państewka - Antoni Węgierski - sprzedał je w 1788 r. władzom pruskim.

W 1863 r. wybudowano w Przegędzy pierwszą szkołę. Współczesny budynek szkolny powstał w latach 60-tych XX wieku. Według spisu ludności z 1 grudnia 1910 r. wieś zamieszkiwało 755 mieszkańców, wśród których 84% stanowili Polacy, 4% Niemcy, a 12% określało się jako dwujęzyczni. W 1912 r. założono w Przegędzy chór mieszany „Polonia”, który z przerwami prowadził działalność do lat 50-tych XX wieku.

Mieszkańcy wsi czynnie uczestniczyli w powstaniach śląskich. W czasie II powstania śląskiego doszło do ostrzelania leśniczówki na Szczotkach, w której niemiecki leśniczy ukrył broń. Jedną z ofiar potyczki był powstaniec Józef Buchta. W głosowaniu 20 marca 1921 r. 359 mieszkańców Przegędzy opowiedziało się za przyłączeniem Śląska do Polski, a jedynie 36 za pozostawieniem go w granicach Niemiec.

Pod względem kościelnym miejscowość należała początkowo do parafii pw. Matki Boskiej Bolesnej w Rybniku, a potem została przyłączona do parafii w Leszczynach. W 1840 r. wybudowano w Przegędzy przydrożną kaplicę, która później dała początek samodzielnej parafii. Odprawianie mszy św. rozpoczęto w niej w 1946 r., a w 1973 r. utworzono stację duszpasterską. Parafia w Przegędzy powstała w 1981 r. W 1988 r. poświęcono nowo wybudowany kościół pw. Podwyższenia Krzyża Świętego.